De afdeling Beheer Waterschappen is belast met de planmatige en op gestructureerde wijze onderhouden van het rioleringsnetwerk en de regenwaterafvoeren.

Onder deze hoofdafdeling valt subafdeling Afvalwaterverwerking/Riolering en de drie (3) rioolwaterzuiveringsinstallaties (rwzi's). Bubali, Parkietenbos en Zeewijk.